calibreのコミック入力の設定で、
「画像サイズを無視する」に「560x800」とか設定すればサイズ変換できるから、
mogrifyコマンド使って変換する必要ないわ。
そうすれば元のCBZは縮小せずに済むから、コミックデータ全部calibreに入れて管理しちゃえば良さそう。
試しに変換してみたけど、問題なく縮小できてそうだった。

ただ、「縦横比を固定する」にチェック入れちゃうと、背景が黒で反転してるページが、足りない部分が白で補われちゃうみたいなんで、
「縦横比を固定する」はチェックしないほうが良さそう。
その場合は足りない方は引き伸ばしになると思うんで、比率が極端に違う画像がある場合に注意だな。

「シャープ化を無効にする」
「トリミングを無効にする」
もチェックして試して見ましたが、期待通りの感じで、周囲が削られないからkindleで問題起こらなくなりそう。


あと、.mobiへのコミック変換ができれば他のツール要らんな。