まだ実際に試してないが、
caliberのコミック入力の設定で、
「シャープ化を無効にする」
「トリミングを無効にする」
チェックしておいた方がいいかも。
というか、「右から左」の分割処理以外必要ないから、時間かけずにさくっと処理完了させて欲しい。

「トリミングを無効にする」は、
たぶん画像の周囲の白い部分をカットするんだと思うが、
kindle（androidアプリ）で見るときに、空ページがあると表紙に戻っちゃうことがあるようなんだが、
トリミングが原因かもしれん。