IcedTea WebでJava Web Startのアプリ使うが、IPAフォントをインストールしてあるとJavaアプリで半角数字が識別困難なほど汚くなり、
IPAフォントを削除すると漢字の一が表示されない箇所が出てきちゃってたんだが、

• IPAフォントを削除
• さざなみフォントをインストール

でJavaアプリでまったく問題なくなったわ。
WEBブラウザ以外は日本語がきれいなフォント使う必要ないし、これで完全解決ぽい。